Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι το πρώτο Τμήμα του Πανεπιστημίου Αιγαίου που δέχθηκε φοιτητές και έχει ήδη συμπληρώσει πάνω από 35 έτη λειτουργίας, καθώς τα επίσημα εγκαίνιά του έγιναν στις 30 Οκτωβρίου 1985. Το Τμήμα άρχισε να λειτουργεί, σε προπτυχιακό επίπεδο, το χειμερινό εξάμηνο του ίδιου ακαδημαϊκού έτους (1985-86) με επτά συμβασιούχους διδάσκοντες, επτά διοικητικούς υπαλλήλους και 103 νεοεισαχθέντες φοιτητές.
Τέσσερα χρόνια μετά, το Φθινόπωρο του 1989, το Τμήμα ανακήρυξε τους πρώτους δέκα πτυχιούχους του. Διανύοντας την τέταρτη δεκαετία της λειτουργίας τους, το Τμήμα έχει απονείμει περισσότερα από 2.400 πτυχία, 1.200 μεταπτυχιακά και 120 διδακτορικά διπλώματα.
Το Τμήμα ανέπτυξε σταδιακά και εδραίωσε σε μεγάλο ή μικρότερο βαθμό ορισμένες μορφές εκπαιδευτικής λειτουργίας και θεσμούς που είχαν καινοτομικό χαρακτήρα για την ελληνική πραγματικότητα. Ορισμένες από αυτές τις καινοτομίες υιοθετήθηκαν στην πορεία και από άλλα πανεπιστημιακά Τμήματα ή και ολόκληρα Α.Ε.Ι. της χώρας. Ανάμεσά τους επισημαίνονται ιδιαίτερα:
- Ο θεσμός της Θερινής Πρακτικής Άσκησης των φοιτητών (από το 1986).
- Η δημιουργία της Επιτροπής Σύνδεσης Πανεπιστημίου και Επιχειρήσεων, οι εκπαιδευτικές επισκέψεις σε επιχειρήσεις στην Ελλάδα και στο εξωτερικό και η διεξαγωγή εβδομαδιαίων διαλέξεων προσκεκλημένων στελεχών επιχειρήσεων.
- Ο θεσμός του Συμβούλου Σπουδών, η έμφαση στην ανάπτυξη του διαλόγου, της συνυπευθυνότητας και της επικοινωνίας μεταξύ φοιτητών – διδασκόντων και διοικητικών υπαλλήλων.
- Η θέσπιση των εξωτερικών συμβουλευτικών επιτροπών (Advisory boards).